Rupanya kedatangannya dituntun oleh mata-mata Belanda orang pribumi, namun sempat ditangkap serta dihabisi oleh K. Nawawi dan Sahlan (Haji).
Suasana pertemuan kala itu menjadi tegang dan para pemuda yang disusupkan ke IVG keluar bersama-sama.
Serdadu Belanda masuk ke rumah Kiai Djauhari, di sana mereka menemukan bendera merah putih dan sekeranjang “batu kerikil jaza’anâ€. Tanpa kompromi, Kiai Djauhari Chotib ditangkap dan dibawa ke Sumenep.
Mendengar berita tentang tertangkapnya Kiai Djauhari Chotib, maka Asisten Wedana, RP. Moh. Noer dan Aliwafa (tokoh masyarakat yang kaya dan donatur perjuangan) pergi ke Sumenep menemui Hakim De Jonge, minta agar Kiai Djauhari Chotib dibebaskan.
Permintaannya akan bisa terpenuhi dengan syarat harus menyediakan uang sebesar 10.000 Golden, di samping juga Aliwafa (Haji) membawa seratus butir telur ayam sebagai hadiah untuk De Jonge.
Karena Kiai Djuahari Chotib sudah terlanjur dipindah ke penjara Pamekasan, maka Hakim De Jonge membuat surat rekomendasi yang isinya antara lain:
“Yang salah bukan Kiai Djauhari, tetapi yang menangkapnyaâ€.
Sesampainya di Pamekasan, Asisten Wedana RP. Moh. Noer dan Aliwafa dengan mengantarkan rekomendasi dari Hakim De Jonge, tapi Kiai Djauhari Chotib ternyata sudah digiring ke penjara Bangkalan.
Mereka pun langsung ke Bangkalan dan, katanya, sudah diangkut ke penjara Kalisosok Surabaya.
Dengan berupaya secara maksimal, Asisten Wedana RP. Moh. Noer dan Aliwafa akhirnya berhasil.
